Keyboard shortcuts

Press ← or → to navigate between chapters

Press ? to show this help

Press Esc to hide this help

Phred-Score

Der Phred-Score (d.h., Punktzahl) ist definiert als

\[ Q = -10 \log_{10} \]

wobei \(p\) die Wahrscheinlichkeit ist, dass der entsprechende Basisaufruf falsch ist und \(Q\) die Phred-Punktzahl ist (gerundet auf den nächstliegenden ganzzahligen Wert). Der Phred-Score ist also eine einfache Transformation der Fehlerwahrscheinlichkeit, die eine einfache, aber einigermaßen platzsparende Kodierung darstellt (Tabelle 1).

Tabelle 1. Basisqualität und -genauigkeit
QPhred p Genauigkeit
0 1 0%
10 10-1 90%
20 10-2 99%
30 10-3 99.9%
40 10-4 99.99%
50 10-5 99.999%
60 10-6 99.9999%
70 10-7 99.99999%
80 10-8 99.999999%
90 10-9 99.9999999%
93 10-9.3 99.99999995%

Anmerkung: Phred-Basisqualitätswerte und ihre zugehörige Fehlerwahrscheinlichkeit (p) und Basisgenauigkeit. Eine Auswahl von Werten vom niedrigsten (0) bis zum höchsten (93) Phred-Score, der in einer FASTQ-Datei darstellbar ist, wird gezeigt.